[참고] 합산배제 및 과세특례 신고(신청)관련 주요 Q&A

편집국

news@joseplus.com | 2025-09-15 12:00:02

참고

 

합산배제 및 과세특례 신고(신청)관련 주요 Q&A

 

[합산배제 및 특례 일반]

Q1

올해 종합부동산세 정기분 고지는 언제 하는지?

□올해 종합부동산세 정기분 고지서는 11월 22일경 발송될 예정이며, 납부기간은 12월 1일부터 12월 15일까지입니다.

 

Q2

합산배제 및 과세특례 신고(신청)는 어떻게 하는지?

□홈택스로 신고하시거나 서면 신고 시에는 아래 서식을 작성합니다.

구 분

신고 서식

합산배제 주택

·(합산배제 주택유형별) 합산배제(변동)신고서

합산배제 토지

·주택신축용토지 합산배제(변동)신고서

부부 공동명의 특례

·종합부동산세 공동명의 1주택자 특례(변경)신청서

일시적 2주택 등 특례

·1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 신청서

무허가주택 부속토지 등

·세율 적용 시 주택 수 산정 제외 신청서

보유기간 계산 특례

·1세대 1주택자 보유기간 계산 특례(변경)신청서

법인 일반세율 적용

·법인 주택분 종합부동산세 일반 누진세율 적용 신고서

* 홈택스 》 (웹페이지 우측 메뉴) 세무서식 》 세무서식 다운로드

○홈택스(www.hometax.go.kr)*를 이용하면 과세물건 자동입력 등 미리채움 서비스를 제공 받아 간편하게 신고할 수 있으며, 합산배제 자가진단, 모의 세액계산 등 각종 신고 도움 서비스도 이용할 수 있습니다.

*홈택스 접속 경로 : 로그인 후 화면 하단 ‘세무 업무 가이드맵(Map)’ 》 ‘종합부동산세’

 

[합산배제 관련]

Q3

지난해 합산배제 신고 후 변동사항이 없는 경우에도 올해 다시 신고해야 하는지?

□ 변동사항이 없는 경우에는 신고하실 필요가 없습니다.

○다만, 기존에 합산배제를 신고한 과세대상 물건에 변동(소유권, 면적, 사원용주택의 임차료 등)이 있는 경우에는 신고기간 내에 물건 변동 내역을 반영하여 신고해 주시기 바랍니다.

□또한, 기존 합산배제 적용 주택이 임대료 상한을 초과하는 등의 사유로 합산배제 요건을 충족하지 못하게 된 경우 합산배제 대상에서 “제외”하는 신고를 해야 합니다.

 

Q4

실제 주택을 임대하고 있음에도 임대사업자등록을 하지 못한 경우 합산배제를 적용받을 수 없는 것인지?

 

□과세기준일(6.1.)현재 실제 주택을 임대하고 있는 납세자는

○합산배제 신고기간 종료일(9.30.)까지 지자체(시·군·구 임대사업자)와 세무서(주택임대업 사업자)에 각각 등록하는 경우 공시가격 등 일정 요건 충족 시 합산배제를 적용받을 수 있습니다.

 

Q5

주택임대 사업자 등록은 방법은?

□국토교통부 등록민간임대주택 렌트홈(www.renthome.go.kr)이나 주소지 관할 시·군·구청에서 본인 소유 임대주택을 일괄 등록할 수 있으며,

○‘세무서 사업자등록 신청서 제출’에 동의하는 경우* 기관 간 신청정보를 주고받아 세무서 방문 없이 임대사업자 등록과 세무서 주택임대업 사업자등록을 동시에 처리할 수 있습니다.

*렌트홈 로그인 > 임대사업자 등록 신청 > ‘국세청 사업자 신고’ 체크

Q6

임대사업자 등록이 말소되면 합산배제를 적용받을 수 없는지?

□합산배제 임대주택은 과세기준일(6.1.) 현재 임대사업자 등록을 한 경우에만 적용받을 수 있으므로, 임대사업자 등록 말소 이후부터는 합산배제를 적용받을 수 없습니다.

 

Q7

등록말소된 임대주택을 재등록하면 합산배제를 적용받을 수 있는지?

□과세기준일(6.1.) 현재 등록말소된 임대주택을 계속 임대하고 있는 경우로서 합산배제 신고기간 종료일(9.30.)까지 임대주택을 재등록하고, 공시가격 등 일정 요건 충족 시 합산배제를 적용받을 수 있습니다.

 

Q8

아파트는 임대주택 합산배제를 적용받을 수 없는지?

□아파트를 매입하여 임대하는 주택*은 합산배제를 적용받을 수 없습니다.

*장기일반민간임대주택 중 매입임대주택

○다만, ’20.7.10. 이전에 임대사업자 등록을 신청한 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대의무기간이 종료되어 지자체(시·군·구)에서 자동으로 말소되는 때까지 합산배제를 적용받을 수 있습니다.

 

Q9

합산배제 신고 후 법정 요건을 미충족할 경우 불이익은?

□합산배제 신고 후 요건을 충족하지 못한 주택 및 토지에 대해서는 경감받은 세액과 이자상당가산액*을 포함하여 추가로 납부해야 합니다.

*납부기한 다음날부터 고지일까지 기간 1일당 0.022%(’22.2.14. 이전 기간은 0.025%, ’19.2.11. 이전 기간은 0.03%) 가산

○또한, 임대료 상한(5%) 요건을 위반한 임대주택은 해당연도와 그다음 연도(총 2년간)에 합산배제 적용 대상에서 제외됩니다.

Q10

임대사업자로 등록하기 이전에 임대한 기간도 의무임대기간에 포함되는지?

□임대기간은 임대사업자의 지위에서 임대한 기간을 뜻하며,

○임대사업자로 등록하기 이전의 임대기간은 합산배제 임대주택의 의무 임대기간에 포함되지 않습니다.

 

Q11

기존 등록 임대주택을 포괄양수한 경우 전 임대사업자가 임대한 기간도 의무임대기간에 포함되는지?

□임대기간은 세법에 따라 납세의무자가 보유한 기간 내에서 인정되며,

○등록임대주택을 포괄양수한 경우 전 임대사업자가 임대한 기간은 합산배제 임대주택의 의무임대기간에 포함되지 않습니다.

 

Q12

합산배제 임대주택을 의무임대기간 중 다른 사업자에게 포괄양도한 경우 경감받은 세액이 추징되는지?

□합산배제 임대주택을 세법에서 정한 의무임대기간 중에 다른 사업자에게 포괄양도하면 그동안 경감받은 세액과 이자상당가산액이 추징됩니다.

 

Q13

합산배제 임대주택 임대료 증액제한은 언제부터 적용 되고 어떤 불이익이 있는지?

□임대사업자로 등록한 이후* 최초로 체결하는 임대차계약을 기준으로 그 이후 임대차계약을 새로 체결하거나 갱신하는 때 임대료 증액 제한 위반 여부를 판단하며

* ’19.2.11. 이전에 임대사업자 등록을 한 경우에는 ’19. 2. 12. 이후

○직전 임대차계약으로부터 1년 이내에 임대료 또는 임대보증금을 인상하거나, 1년이 지난 후에 인상하는 경우로서 임대료 또는 임대보증금의 증가율이 5%를 초과할 경우

○과거 경감받은 세액과 이자상당가산액을 납부해야 하며, 해당연도와 그다음 연도까지 총 2년간 합산배제 대상에서 제외됩니다.

 

[1세대 1주택자 및 세율 적용 시 주택 수 산정 특례 관련]

Q14

일시적 2주택 특례를 적용받기 위해서는 이사할 집을 언제 사야 하는 것인지?

□종합부동산세 일시적 2주택 특례는 양도소득세*와 달리 신규주택 취득 시기에 대한 제한이 없습니다.

* 양도소득세는 종전주택 취득일로부터 1년 이상이 지난 후 신규주택을 취득해야 함

Q15

상속주택을 여러 채 소유하고 있어도 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있는 것인지?

□여러 채의 주택을 상속받은 경우에도 법정 요건*을 갖춘 경우 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있습니다.

* 상속을 원인으로 취득한 주택으로 아래 어느 하나에 해당하는 주택

㉠ 상속개시일부터 5년이 경과하지 않은 주택

㉡ 상속지분이 전체 주택 지분의 40% 이하인 주택

㉢ 상속받은 주택 지분에 해당하는 공시가격이 수도권 6억 원, 수도권 밖 3억 원 이하인 주택

Q16

상속받은 지 5년이 지난 경우로써 주택의 공시가격이 6억 원을 초과하는 경우 6월 1일까지 일부를 처분해서 6억 원 이하가 되면 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있는지?

□1주택자가 상속받은 주택의 일부를 처분(양도.증여 등)하여 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 상속지분율에 상당하는 공시가격이 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하가 되면 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있습니다.

Q17

상속개시일로부터 5년이 경과하지 않은 경우에도 지분율(40%)이나 공시가격(6억 원(수도권 밖 3억 원)) 요건을 충족하여야 하는 것인지?

□상속개시일로부터 5년이 경과하지 않은 모든 상속주택은 1세대 1주택자 특례 적용 대상이 되며

○상속개시일로부터 5년이 경과한 상속주택도 ①소수지분 주택(상속주택의 지분율이 40% 이하)이거나, ②저가주택(소유 지분율에 상당하는 공시가격이 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하)인 경우에는 특례를 적용받을 수 있습니다.

 

Q18

주택의 건축물은 父로부터 5년 이전에 상속받고, 부속토지는 母로부터 5년 이내에 상속받은 경우 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있는 것인지?

□1주택의 지분을 여러 차례에 걸쳐 상속받은 경우로서 그중 일부가 상속받은 지 5년이 넘은 경우에는 ‘상속개시일 5년 이내 주택’ 요건을 적용받을 수 없습니다.

○다만, 이와 별개로 상속받은 모든 지분을 합하여 소수지분주택(지분율 40% 이하) 또는 저가주택(수도권 6억 원, 수도권 밖 3억 원 이하)에 해당하면 1세대 1주택으로 보아 특례를 적용받을 수 있습니다.

 

Q19

상속주택에 대한 1세대 1주택자 특례와 세율 적용 시 주택 수 계산 특례는 어떻게 다른 것인지?

□상속주택에 대한 2가지 특례 모두 동일한 법정 요건*을 갖추어야 특례가 적용됩니다. 다만, 1세대 1주택자 특례는 1주택자만 신청할 수 있으나, 세율 적용 시 주택수 계산 특례는 1주택자가 아니더라도 신청 가능합니다.

*상속을 원인으로 취득한 주택이 아래 3가지 요건 중 하나를 충족할 경우 특례적용
①상속개시일로부터 5년 이내, ②지분율 100분의 40 이하, ③지분율에 상당하는 공시가격이 6억 원(비수도권의 경우 3억 원)이하

○1세대 1주택자 특례는 상속주택을 제외하면 1세대 1주택자가 되는 납세자가 기본 공제(12억) 및 연령·보유기간에 따른 세액공제*를 적용받을 수 있도록 하는 제도입니다.

*다만, 상속주택에 해당하는 과세표준에 대해서는 세액공제를 받을 수 없음

○세율 적용 시 주택수 계산 특례는 상속주택을 주택 수 계산에서 제외하여 3주택 이상에게 적용되는 중과세율(0.5%~5%) 대신 기본세율(0.5%~2.7%)을 적용받을 수 있도록 하는 제도입니다.

 

Q20

경기도 읍.면지역에 소재하는 3억 원 이하 주택도 지방 저가주택으로서 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있는지?

□수도권에 소재하는 주택은 1세대 1주택자 특례 적용대상인 지방 저가주택에 해당하지 않으며, 경기도는 「수도권정비계획법」에 따라 서울특별시, 인천광역시와 함께 수도권에 속합니다.

○다만, 수도권 중 인구감소지역이면서 접경지역에 해당하는 ‘경기도 가평·연천군’, ‘인천 강화·옹진군’에 소재하는 지방 저가주택은 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있습니다.

Q21

지방 저가주택을 2채 이상 소유하고 있는 경우 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 있는지?

□지방 저가주택은 ‘1주택’에만 적용되므로, 2채 이상을 소유하고 있으면 1세대 1주택자 특례를 적용받을 수 없습니다.

 

Q22

1세대 1주택자 특례가 적용되는 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택은 과세를 하지 않는 것인지?

□1세대 1주택자 특례가 적용되는 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택은 과세표준에 합산하여 세액을 계산하므로 종합부동산세가 과세됩니다.

○다만, 해당 납세자는 1세대 1주택자로 보아 기본공제(12억) 및 연령·보유기간에 따른 세액공제*를 적용받을 수 있습니다.

*다만, 특례 주택에 해당하는 과세표준에 대해서는 세액공제가 적용되지 않음

 

Q23

세율 적용 시 특례가 적용되는 소형 신축주택, 준공후 미분양주택에 오피스텔도 포함되는 것인지?

□소형 신축주택, 준공후 미분양주택의 범위에는 「건축물분양법」 제2조 제3호에 따른 분양사업자가 공급하는 오피스텔도 포함되므로

○과세기준일 현재 주거용으로 사용하는 오피스텔은 소형 신축주택, 준공 후 미분양주택의 요건을 충족하면 세율 적용 시 주택 수 산정 제외 특례를 적용받을 수 있습니다.

 

[부부 공동명의 특례 관련]

Q24

부부 공동명의 1주택자 과세특례 적용 시 납세의무자를 판단하는 기준이 무엇인지?

□부부 중 지분율이 큰 자가 납세의무자이나, 지분율이 동일한 경우에는 납세자가 납세의무자를 선택할 수 있습니다.

○주택과 부속토지의 지분율이 서로 다른 경우에는 주택과 부속토지의 공시가격 합계액 중 부부 각자의 지분 공시가격이 차지하는 비율로 지분율을 판단합니다.

 

Q25

부부가 주택과 부속토지를 나누어 각각 소유한 경우에도 부부공동명의 1주택자 과세특례 신청이 가능한지?

☞ (사례) 단독주택: 건물 지분(본인 100%), 부속토지 지분(배우자 100%)

□주택과 부속토지를 나누어서 보유하였더라도, 다른 세대원이 주택을 보유하지 않은 경우에는 부부 공동명의 1주택자 과세특례를 적용받을 수 있습니다.

 

Q26

같은 세대인 자녀와 공동으로 1주택을 보유한 경우 공동명의 1세대 1주택 특례를 적용 받을 수 있는지?

□공동명의 1세대 1주택 특례는 부부로 한정하며, 같은 세대인 자녀와 공동명의로 1주택을 보유한 경우는 특례를 적용받을 수 없습니다.

 

[보유기간 계산 특례 관련]

Q27

1세대 1주택자 보유기간 계산 특례를 신청하는 경우 혜택은?

□1세대 1주택자 장기보유 세액공제를 적용하는 경우 납세의무자가 해당 주택을 취득한 날이 아니라, 배우자가 취득한 날이나 납세의무자가 재건축으로 멸실된 주택을 취득한 날부터 보유기간을 계산합니다.

보유기간

5년 이상∼10년 미만

10년 이상∼15년 미만

15년 이상

공제율

20%

40%

50%

 

Q28

부모나 자녀로부터 상속받은 주택도 보유기간 계산 특례를 적용 받을 수 있는지?

□상속받은 주택 중 배우자로부터 상속받은 주택에 한정하여 그 배우자가 취득한 날부터 보유기간을 계산하며,

○부모나 자녀 등 배우자가 아닌 사람으로부터 상속받은 주택은 상속개시일(사망일)부터 보유기간을 계산합니다.

 

Q29

재건축 조합원입주권을 매입하여 준공된 주택도 보유기간 계산 특례를 적용 받을 수 있는지?

□납세의무자가 보유하던 주택이 멸실되어 재건축되는 경우(원조합원분)에 한정하여 멸실된 주택을 취득한 날부터 보유기간을 계산하며,

○주택이 멸실된 후에 조합원입주권을 승계취득하여 준공된 주택은 해당 주택의 취득일(준공인가증 교부일 등)부터 보유기간을 계산합니다.

 

Q30

재건축주택을 매입한 한 경우에도 보유기간 계산 특례를 적용 받을 수 있는지?

□납세의무자가 보유하던 주택이 멸실되어 재건축되는 경우에 한정하여 멸실된 주택을 취득한 날부터 보유기간을 계산하며,

○기완공된 재건축주택을 승계취득한 경우에는 해당 주택의 취득일부터 보유기간을 계산합니다.

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